Em 2001, iniciava no Estado do Rio Grande do Sul um grande movimento envolvendo a produção, certificação, comercialização e consumo de produtos agroecológicos. O Banrisul, em parceria com a Emater, Secretaria da Agricultura, associações de agricultores e organizações não governamentais ligadas à agricultura ecológica, se insere no contexto da agroecologia com a criação do Programa Rio Grande Ecológico, que proporcionava aos agricultores juro zero em seus financiamentos.
Nesse contexto, em setembro 2008, dentre inúmeras ações de distribuição de sementes promovidas pelo Banrisul, em comemoração aos 80 anos da instituição foram distribuídas 160.000 sementes de árvores nativas, adaptadas às diferentes regiões biogeográficas do estado, aos clientes de crédito rural do Banco e participantes de eventos ambientais, em parceria com a Fundação Zoobotânica/RS. Assim, nascia como projeto o atual Programa Sementes Banrisul.
A partir do interesse demonstrado pelo público, ampliaram-se as ações do projeto em incentivo à agricultura sustentável, por meio de doação de sementes orgânicas de hortaliças e mudas de árvores frutíferas nativas do RS, para entidades ligadas a organizações e redes de agroecologia.
A partir de 2011, o projeto é incluído no portfólio de ações sociais do Banco, agora como Programa Sementes Banrisul.
O reconhecimento do Programa Sementes Banrisul deu-se por meio de várias premiações, com destaque para:
O investimento financeiro foi de 200 mil reais em 2019, beneficiando aproximadamente 4.900 pessoas por meio da distribuição mais de 473 milhões de sementes.
Atualmente, por meio do Programa o Banrisul distribui sementes convencionais (não transgênicas) e crioulas de base orgânica e agroecológica, de diversas espécies de hortaliças, plantas ornamentais, forrageiras e grãos.